（1）加强人员管理
在洁净室中，人是最大的污染源，人作为决定微粒污染物产生的重要因素。洁净室内微粒来源发生源比例为：7%空气中渗入、8%原料中带入、25%从设备转运中产生、25%从生产过程中产生、35%由人员因素造成。因此，在进入洁净室前必须遵守着装程序。穿上符合相应洁净等级的洁净无尘服和佩戴手套。同时必须对洁净室内工作人员反复培训，提高洁净室内作业人员的洁净意识。
（2）严格控制人流物流
洁净室应设专用的人流、物流通道。人员应按规定的净化程序进人，并应严格控制人数。除了人员进出洁净室+的规范管理外，原材料及设备进出也必须经过洁净程序，方不至于影响洁净室洁净度。
（3）合理布局空间面积
合理的空间与面积，有利于合理的分区，也有利于操作与便于维修。洁净室并非越大越好，面积和空间的大小关系空调能耗的大小和工程的投资。合理的生产空间有利于管理、减少环境清洁及消毒工作，也有利于节约能源。同时，车间内部应设有物料的中间站便于明确分区，以最大限度地减少差错和交叉污染。各种管道、风口、照明设施等公共设施应避免出现不易清洁部位。应根据产品特点、房间压差、设备情况等合理进行平面布置。
（4）提高设备水平
洁净室设备的材质、加工精度、密闭程度以及管理制度都与交叉污染有关。因此提高设备的自动化水平，以减少操作人员，是防止交叉污染的必要措施。新版GMP对无菌隔离操作技术进行要求。无菌隔离系统是完全密封的，将药品、生物制品控制、并处理成无菌状态。采用隔离操作技术可最大限度的防止产品受到污染，保护操作者的安全，避免受到毒性物质的伤害。
（5）分设空调净化系统
洁净室的空调净化系统应根据不同的洁净度等级分设，对激素类、强毒微生物及抗肿瘤药品、放射性药物等洁净室，应在其排风口安装高效过滤设备，以将这些药物的污染降至最低限度。产生粉尘和有害气体的洁净室，应单独设局部排风系统。送风、回风和排风的启闭应有连锁装置。